L'arrivée des OGM en Europe il y a quinze ans a déclenché une controverse qui n’est pas prête de s’éteindre. Si la majeure partie du débat s’est concentrée sur la question de l’acceptation ou du refus de la mise en culture et de la mise en marché des OGM, une analyse systémique de ceux-ci nous apprend en fait bien davantage sur les dynamiques d’innovation dans nos champs. Une approche ‘systémique’ des OGM permet de remettre l’innovation technologique dans son contexte. L’innovation, trop souvent comprise sous sa seule forme technologique, est multiple, mais ‘verrouillée’ par des systèmes agro-alimentaires qui peinent à s’adapter au nouveau paysage qui s’est dessiné avec les crises climatiques et énergétiques et les aspirations citoyennes à une science démocratisée. Le développement de différentes voies d’innovation est en réalité influencé par une multitude de facteurs macro et micro, depuis les politiques européennes de recherche jusqu’aux routines culturelles des chercheurs individuels. Au final, deux voies d’innovation –l’ingénierie génétique et l’agroécologie – subissent un traitement ‘à géométrie variable’, en défaveur de la seconde. Est-il possible de déverrouiller le système pour accélérer la transition vers les innovations et les modèles durables et souhaités par une majorité? Partant de la tentative écologiste, en 2003, d’établir en Belgique une évaluation des OGM sur des critères de durabilité, cet article tente de poser quelques jalons et propositions.